Fue alrededor del río Magdalena donde se econtraron las primeras huellas de presencia humana en Colombia. Reliquias de una civilización casi desconocida, que data de los últimos cinco siglos A.C., fueron descubiertas en San Augustín, cerca del origen del río, en los Andes colombianos: estatuas de piedra, bajorrelieves, cámaras funerarias y santuarios, en un estilo que recuerda a veces al de los aztecas.
Siglos más tarde, antes de la llegada de los españoles, las altas mesetas del este, cerca del río Magdalena, estaban habitadas por una tribu amerindia, los Chibchas. Buenos agricultores, eran también excelentes orfebres y se han encontrado cantidades de pequeños objetos (collares, figuras) en oro o en tumbaga (una aleación de oro y cobre), que datan de 1000 a 1500 a.c.
En 1502, en su primer viaje al Nuevo Mundo, Cristóbal Colón exploró una parte del imperio de los Chibchas, en las costas septentrionales de la actual Colombia. Tras sus pasos, los conquistadores españoles establecieron en Darién, en 1510, su primera colonia sobre el continente americano. Atraidos por este nuevo "eldorado", los colonos progresaron rápidamente. En la costa, en primer lugar, fundaron Cartagena, después, Santa Marta. Hacia el interior, a continuación; Santa Fé de Bogotá - que sería más tarde Bogotá - fue conquistada por Gonzalo Jiménez de Quesada, en 1538.
