El 11 de septiembre de 1973, los militares tomaron el poder, y el presidente Allende encontró la muerte durante el asalto del ejército al palacio presidencial.
Fue el general Augusto Pinochet Ugarte quien tomó la cabeza de la junta y adoptó, en julio de 1974, el título de "Jefe Supremo de la Nación". Enseguida, suspendió la Constitución, disolvió el Parlamento, impuso la censura absoluta y prohibió todos los partidos políticos. Por otra parte, lanzó al país en una campaña de terror contra la izquierda y de represión sangrienta. Miles de personas fueron detenidas. Muchas fueron ejecutadas, torturadas o debieron exiliarse, mientras que otras fueron largamente encarceladas o "desaparecieron".
El 5 de octubre del mismo año, Pinochet organizó un plebiscito con miras a reconducir su mandato, después de marzo de 1989, hasta 1997.Mientras que el "no" ganó con cerca del 55% de los votos, Pinochet anunció que prolongaría su mandato hasta marzo de 1990. No obstante, en diciembre de 1989, Chile tuvo el primer escrutinio presidencial organizado después de 19 años. La elección dio la mayoría al candidato demócrata-cristiano Patricio Aylwin.
Mientras que Pinochet permanecía a la cabeza de las Fuerzas Armadas, el presidente Aylwin nombró, en abril de 1990, una "comisión de investigación por la verdad y la reconciliación" sobre las violaciones a los derechos humanos bajo el régimen precedente. Sus reformas económicas tendían a mantener una tasa de crecimiento elevada y a instaurar una integración social. El país se abrió al exterior multiplicando las exportaciones, en particular hacia los Estados Unidos, gracias a un acuerdo bilateral de comercio e inversiones. Las elecciones municipales de junio de 1992 reforzaron la victoria de los demócrata-cristianos.
Retorno a la democracia
En la elección presidencial de 1993, el candidato demócrata-cristiano de la Concertación Nacional por la Democracia, Eduardo Frei Ruiz-Tagle, hijo del antiguo presidente Eduardo Frei Montalva, venció sobre Arturo Alessandri, candidato del centro- derecha.
El gobierno chileno debió hacer frente a un desarrollo de la pobreza en ciertas clases de la población, y un aumento de la violencia y la inseguridad en las ciudades. El 25 de junio de 1996, el país devino miembro asociado del Mercosur.
La coalición en el poder (demócrata-cristianos y social-demócratas) reunió la mayoría de los sufragios expresados en las elecciones municipales de octubre de 1996. Venció también en las elecciones legislativas del 11 de diciembre de 1997.
El 10 de marzo de 1998, el general Pinochet dejó el mando de las Fuerzas Armadas para entrar en un clima hostil en el Senado y ocupar una banca de por vida.
Una grave crisis interna fue provocada por la detención del general Pinochet por la policía británica, el 16 de octubre de 1998. El juez español Baltasar Garzón reclamó la extradición a España del antiguo jefe de la Junta Militar, a fin de juzgarlo por los delitos de «genocidio», «torturas» y «desapariciones» cometidos durante la dictadura. Las revelaciones fueron hechas a propósito del plan «Cóndor», que coordinaba, durante las dictaduras, la acción represiva contra los opositores en Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay. Diecisiete meses más tarde, el ministro británico del Interior Jack Straw rechazó la demanda de extradición del general Pinochet hacia España; éste último pudo así retornar a su país, donde la Corte de Apelaciones de Santiago de Chile votó, el 23 de mayo de 2000, el levantamiento de su inmunidad parlamentaria.
El 16 de enero de 2000, Ricardo Lagos, candidato de la Concertación Democrática, coalición de centro-izquierda en el poder desde hacía diez años, fue elegido presidente de Chile con el 51,3% de los sufragios. Fue el primer presidente socialista de Chile después de Salvador Allende. Se comprometió a hacer de los derechos humanos una prioridad de su gobierno y se pronunció en favor de un juicio a Augusto Pinochet a su retorno a Chile.