Independiente en 1838, Honduras perteneció, entre 1842 y 1844, a una confederación que agrupaba El Salvador y Nicaragua, e hizo de Francisco Morazán su primer presidente. Guatemala y otros paises vecinos más poderosos ejercieron, sin embargo, una gran influencia en la política de Honduras a lo largo de todo el siglo XIX. De 1840 hasta los años '70, el país fue frecuentemente dirigido por dictaduras conservadoras. Las elecciones tenían poca significación y las revoluciones fueron frecuentes.
A fines del siglo XIX y comienzos del XX, el estado fue dominado por dictadores liberales, como Marcos A. Soto, en 1876.
En el transcurso del siglo XX, la importancia creciente de las plantaciones de bananeros pusieron al país bajo la dominación de las compañías fruteras norteamericanas, tales como United, Standard y Cuyamel. La United Fruit Company compró Cuyamel, en 1929, e hizo de Honduras una "república bananera". Aún cuando ellas contribuyeron poco al desarrollo general del país, las compañías fruteras le dieron un producto de exportación mayor, desarrollaron las zonas portuarias del Caribe e hicieron, indirectamente, de San Pedro Sula, una zona de población importante.
