El fin de la era Duvalier no significó, sin embargo, el fin de la dictadura. Inmediatamente después de su partida, una junta militar dirigida por el general Henri Namphy se instaló en el poder. La elección de Leslie Manigat para la presidencia de la República, en 1988, no fue más que un paréntesis antes de un nuevo golpe de estado militar del general Namphy (junio),reemplazado el mismo en septiembre por el general Prosper Avril. En el poder hasta 1990, debió hacer frente a nuevas revueltas. Su renuncia abrió el camino a elecciones bajo control internacional y a una aparente normalización de la vida política.
Jean-Bertrand Aristide, un sacerdote católico que se había hecho abogado de los pobres, obtuvo una brillante victoria en diciembre de 1990. Su llegada a la presidencia de la República devolvió la esperanza al pueblo haitiano pero, en septiembre de 1991, fue derrocado por un golpe de estado militar y partió a refugiarse en los Estados Unidos. En cuanto a los miles de balseros haitianos que intentaban llegar a los Estados Unidos, la mayor parte fueron rechazados por los guardacostas norteamericanos. La Organización de los Estados Americanos (OEA), luego la Organización de las Naciones Unidas (ONU), decretaron sanciones contra el nuevo régimen militar del general Raoul Cédras. El país fue sometido a un bloqueo económico a partir de 1993. La situación alimentaria y sanitaria se degradaba, y las negociaciones por el retorno de Aristide se hacían eternas.
Finalmente, los Estados Unidos decidieron una intervención militar. Las tropas norteamericanas desembarcaron en Haití el 19 de septiembre de 1994. La junta militar debió dejar el poder y el presidente Aristide fue restablecido en sus funciones en octubre de 1994. Su mandato, sin embargo, llegaba a su fin y la Constitución no lo autorizaba a pretender un segundo. Elegido en diciembre de 1995, el antes Primer Ministro René Préval asumió sus funciones en febrero de 1996.
