El territorio que corresponde a la actual Honduras fue hogar de la civilización maya durante el primer milenio de nuestra era, como lo testimonian las ruinas de Copán. Fue invadido después por los Aztecas y a continuación por los Mosquitos.
En 1502, la región fue descubierta por Cristóbal Colón. La población indígena fue entonces diezmada por la conquista española y por las enfermedades que trajeron los colonos. Sin embargo, muy pronto los pueblos se mezclaron y los mestizos llegaron a ser el grupo étnico dominante de Honduras.
En 1523, Hernán Cortés, en el curso de una expedición punitiva contra soldados rebeldes, comenzó la conquista del territorio. El descubrimiento de oro en el país fue, sin embargo, el origen de intrigas y conflictos durante varios años. Fue el lugarteniente de Cortés en Guatemala, Pedro de Alvarado, quien venció finalmente a todos sus rivales, en 1539.
En 1540, los españoles hicieron de Comayagua la capital de su colonia. Otras comunidades españolas se instalaron en los valles de Honduras donde permanecieron muy aisladas.
Al final del período colonial, la mayor parte de Honduras era una provincia poco poblada, unida a la capitanería general de Guatemala, bajo administración española, y donde la mayoría de los habitantes se dedicaban a la agricultura o a la ganadería para subsistencia. El país, después de haber provisto esencialmente metales, procuró grandes cantidades de productos alimentarios y ganado a las regiones exportadoras de índigo de El Salvador y Guatemala.
De 1821 a 1823, la región integró el imperio mexicano de Iturbide, antes de ser incorporada a las Provincias Unidas de América Central, entre 1824 y 1838.
