La victoria de los sandinistas en 1979 en Nicaragua exacerbó la guerilla, y la represión aumentó, tocando a los indios y diversos grupos de opositores (sindicalistas, universitarios, periodistas, etc.). En enero de 1980, 39 indios murieron en el incendio de la Embajada de España, que ellos ocupaban para reclamar una investigación sobre los crímenes cometidos contra su comunidad. Las "desapariciones" se volvieron una constante del terrorismo de estado. El 23 de marzo de 1982, dos semanas después de la elección del general Aníbal Guevara para la presidencia, un golpe de estado militar instaló en el poder una junta de tres hombres dirigida por el general Efraín Ríos Montt. Desde junio, éste asumió solo la presidencia. Habiendo rechazado los guerilleros su oferta de amnistía, las actividades anti-guerilla se extendieron a los campos, conduciendo a un verdadero genocidio contra los indígenas y los paisanos. Ríos Montt fue derrocado el 8 de agosto de 1983 por el general Oscar Mejía Victores.
La elección presidencial de diciembre de 1985 fue ganada por el demócrata-cristiano Vinicio Cerezo Arévalo, sobrino del antiguo presidente José Arévalo, y primer presidente civil después de 23 años. El país conoció una nueva escalada de violencia e inseguridad en 1986 y 1987 (secuestros, asesinatos). En enero de 1996, el conservador Alvaro Arzu fue elegido para la presidencia del país. Arzu purgó el alto mando del ejército de los oficiales implicados en las exacciones cometidas contra la población civil y logró firmar el 29 de diciembre de 1996 un acuerdo de paz con la guerrilla de la Unión Revolucionaria Nacional Guatemalteca (UNRG). Poniendo fin a 36 años de una guerra civil que dejó más de cien mil muertos y cuarenta mil desaparecidos y obligando a más de cien mil personas a dejar el país, este acuerdo preveía la desmovilización de las fuerzas rebeldes, la reducción de los efectivos del ejército y el reconocimiento de los derechos económicos, políticos y culturales de la mayoría india.
El Premio Nobel de la Paz 1992 había sido otorgado simbólicamente a Rigoberta Menchú, una joven india maya exiliada en México para escapar a la persecución. Rigoberta Menchú, en adelante portavoz de la causa de los indios, regresó a vivir en Guatemala, como lo han hecho cerca de 2500 personas desde 1993.
