A partir de 1945, el ala más radical del partido liberal, dirigida por Jorge Eliecer Gaitán, que se oponía a la política de unión nacional del presidente Alberto Lleras Camargo, se volvió cada vez más popular. El 9 de abril de 1948, el asesinato de Gaitán desencadenó en una sangrienta revuelta contra el gobierno conservador en Bogotá y en las principales ciudades del país. La violencia - es así como se bautizó esta insurrección popular -, dejó al menos 1.500 muertos y 20.000 heridos.
La revuelta fue contenida finalmente y el gobierno fue reequilibrado en favor de los liberales. El 13 de junio de 1953, el general Gustavo Rojas Pinilla tomó el poder, gracias a un golpe de estado. En 1957, después de más violencia, Rojas Pinilla fue derrocado por una junta militar. Esta resolvió convocar a elecciones generales y fue acordada una tregua entre los liberales y los conservadores. Decidieron entonces la alternancia en los más altos puestos del estado (presidencia y gabinetes ministeriales) por un período de 16 años. Sin embargo, la nueva coalición, el Frente Nacional, no logró detener la violencia política.
El liberal Alberto Lleras Camargo fue elegido en 1958; en 1962, el conservador León Valencia le sucedió. Los liberales regresaron al poder en 1966, con Carlos Lleras Restrepo. La coalición conservó la mayoría en las dos cámaras, pero raramente logró reunir la mayoría de dos tercios necesaria para el voto de las leyes, y el país conoció entonces varios períodos de una quasi-parálisis. Este clima favoreció una guerra civil latente, que encontró también sus raices en el marasmo económico.
