Desde los primeros años de la independencia, el país estuvo dividido en dos bloques políticos que se enfrentarían durante décadas. Por un lado, los conservadores, sostenidos por la Iglesia, partidarios de un estado centralizado; por el otro, el bloque liberal, federalista, que quería sustraer la política de la influencia de la religión. Las primeras décadas que siguieron a la independencia estuvieron marcadas por varias guerras civiles y por frecuentes cambios constitucionales.
En 1858, el país fue dotado de una constitución semi-federal y la nueva República fue bautizada Confederación Granadina. Cinco años más tarde nacían los Estados Unidos de Colombia, sobre el modelo decididamente federal del vecino norteamericano. Después de algunos años de relativa estabilidad, una nueva guerra civil estalló en 1876. De retorno al poder, los conservadores impusieron al país, en 1886, una constitución centralista, la de la República de Colombia, que quedó en vigor hasta 1991.
La segunda mitad del siglo XIX se caracterizó por numerosos cambios, que marcaron profundamente la sociedad: la abolición de la esclavitud en 1851; luego, en 1853, la separación de la Iglesia y el estado.
En 1903, empujado por los Estados Unidos, Panamá accedió a la independencia. Colombia perdió entonces un acceso importante al comercio marítimo; sin embargo, las compensaciones financieras acordadas por Washington le permitieron asimismo iniciar la diversificación de la economía, que reposaba hasta entonces esencialmente sobre el comercio del café.
Hasta 1930, Colombia tuvo un período de estabilidad política y pudo consagrarse a su desarrollo económico. La construcción de rutas, desde principios del siglo, permitió un comienzo de la expansión comercial. La explotación de los yacimientos de petróleo y el cultivo de café tomaron también amplitud. Los liberales, de regreso al poder en 1930, se comprometieron en nuevas reformas. Hasta la renuncia, en 1945, del presidente Alfonso López Pumarejo, hicieron votar una ley de reforma agraria, el reconocimiento del derecho de huelga y los derechos sindicales, un salario mínimo y vacaciones pagas.
