El país estuvo habitado desde al menos 5000 a.c.,pero los amerindios de Costa Rica fueron poco numerosos en comparación con las grandes civilizaciones precolombinas. Cristóbal Colón descubrió y bautizó Costa Rica en 1502 durante su cuarto viaje. La conquista española se hizo allí más tarde que en gran parte de la América Latina central en razón de la hostilidad virulenta de los amerindios. Juan de Cavallón llevó los primeros colonizadores victoriosos a Costa Rica en 1561. Juan Vázquez de Coronado le sucedió en 1562-1565 y estableció Cartago y otras colonias en el Valle Central. Costa Rica hizo parte de la capitanería general de Guatemala, en el virreinato de México, a partir de 1570, pero su alejamiento de la ciudad de Guatemala y su aparente falta de riquezas le permitieron desarrollarse sin sufrir la misma intervención directa que las otras provincias de América Central.
Bastante poco numerosos en el país, los representantes de la autoridad española y de la Iglesia dejaron el país desarrollarse apartado de la corriente histórica de la América Latina. La colonia no tomó una cierta importancia a los ojos de las autoridades guatemaltecas sino hasta fines del siglo XVIII, cuando los españoles pusieron el acento sobre la agricultura comercial e hicieron del tabaco, un importante producto de exportación.
